Docentes permanentes do PPGCE estão envolvidos em diferentes núcleos e grupos de pesquisa, seja na UFU ou em instituições parceiras. Além disto, o programa os professores do Programa mantêm intercâmbios com laboratórios e professores de outros programas na própria UFU e de outras instituições brasileiras, apoiando e participando de vários projetos. Os principais grupos que contam com a coordenação ou participação dos docentes do Programa são.

• Aruanda lab.doc. - pesquisas e análises sobre métodos de produção audiovisual de não ficção
• Cidades sustentáveis: história e política
• Crítica de Mídias e Práticas Culturais
• Desenvolvimento Profissional e Docência Universitária: saberes e práticas educativas
• Espaços educativos, produção e apropriação de conhecimentos matemáticos
• Esportídia - Estudos Analíticos de Esporte, Jogos e Mídia
• Estudos e pesquisas em educação profissional e tecnológica
• FOTOLIH - Fotojornalismo, Linguagem e História
• GEDPROFTEC - Grupo de pesquisa em políticas, gestão, avaliação, história e memória da educação profissional e tecnológica
• GEPEDI - Grupo de Estudos e Pesquisas em Didática Desenvolvimental e Profissionalização Docente
• Estudos e Pesquisas em Educação, Cultura e Comunicação
• Estudos Histórico-Culturais em Educação Matemática e em Ciências
• História Ambiental do Cerrado
• História da Educação e História Regional no Interior Paulista
• História e Historiografia da Educação Brasileira
• Interfaces Sociais da Comunicação: Midias e Educação, Políticas e Culturas
• Jornalismo Popular e Alternativo (ALTERJOR)
• Lecotec(Laboratório de Estudos em Comunicação, Tecnologia e Educação Cidadã)
• Linguagem e Mídias Sonoras GELMS
• Midiato - Grupo de Estudos de Linguagem: Práticas Midiáticas
• Núcleo de Pesquisa em Tecnologias Cognitivas
• Pesquisas em Educação Ambiental no Cerrado Mineiro
• Podcasts e Portfólios educacionais digitais em Imunologia como apoio didático e de divulgação científica
• RExLab - Laboratório de Experimentação Remota
• Tecnologias, Comunicação e Educação
• Trabalho, Educação e Sociedade